En otra Dimensión, una batalla emprende entre dos Pokémon, Dialga y Palkia. Ambos intercambiaban poderosos ataques, resultando en una explosión que envía grupos de Unown volando. Dialga maneja la batalla, atacando a Palkia con Distorsión. Palkia rápidamente se defiende, pero en el proceso una de sus gemas resulta dañada. En un choque cercano con cada uno, ambos se descargan poderosas ondas de energías.

Mientras Tanto, un erudito está leyendo un viejo manuscrito, el Diario de Godey, que contiene la información útil respecto a la Ciudad de Álamos. Su habitación es Pequeña, con el equipo necesario para detectar energía y libros de estudio relacionados. Justo cuando los dos Pokémon (Dialga y Palkia), descargan mucha energía, sus equipos detectan pulsos de energía de un lugar cercano a él, detectaban una anomalía Espacio-Tiempo, Pero el decía que esta energía no provenía de esta dimensión, que provenía de otra, que era algo diferente y algo muy poderoso.

Y, la pelea Continua.

Día Presente
Ash, Brock, y Dawn, recorrían un trayecto, luego Ash y Maya le preguntan a Brock si su siguiente destino será la Ciudad de Álamos, que era la ciudad más cercana, ya que ambos estaban cansados y hambrientos. Brock dice que ya están muy cerca de la ciudad, luego la ven en el Horizonte. Luego se apresuran para llegar, pero se dan cuenta que la Ciudad está en una Plataforma, rodeada por agua.
Maya le dice a Brock si está leyendo bien el mapa, pero él está auto confundido. Luego una mujer que pasaba por allí con su globo de aire Caliente, les pregunta a ellos si quieren dar un paseo. Por supuesto, nuestros héroes aceptan.


En el aire, un Chimchar le proveía la flama al globo. Luego la mujer se presenta, y dice que se llama Alice, una nativa de Ciudad Álamos. Brock, rápidamente, como es de costumbre, se enamora de Alice, pero su Croagunk lo Detiene. Luego, Ash y Maya se presentan, y le agradecen a Alice, por el Paseo. Luego, nuevamente Brock salta y comienza a mirar su pequeño libro para ver si tenía allí a Alice.
Él no la encuentra en su libro, pero le guardará su ojo a ella.



Para cambiar el Tema, Alice dice que puede tocar música soplando a través de una caña especial. Luego lo demuestra, tocando una Melodía que atrae a los Wingulls y un Pidgeotto con una Multitud de Pidgey. El Pidgeotto manda saludos al Globo a Medida que Alice va tocando la Música. Luego de terminar de tocar, ella les dice a Ash, a Brock y a Dawn que aprendió a hacer esto, gracias a su Abuela.

Apenas detrás de ellos, está el Equipo Rocket en otro Globo de Carnivile. Ellos están vigilando a Ash y compañía para poder robar a Pikachu. Pero unos Pocos Drifloon vuelan cerca de ellos. Jesie, queriendo atrapar uno, saca una red para Bichos y trata de atrapar uno, pero falla. Luego el Drifloon se enoja y manda a volar al Globo con un Tornado.



Cuando el Globo de Alice está por llegar a la Ciudad, ven dos torres idénticas llamadas las torres de Espacio-Tiempo. Alice dice que la Ciudad es Famosa Gracias a estas Torres. Una de las Torres es la Torre del Tiempo, la otra es la Torre del Espacio. El edificio principal abajo en la tierra lleva a cabo una gran competencia de Pokemon, y es por eso que Maya quería llegar a aquí. Luego de repente, algo agita al globo violentamente, pero no era el viento, era una Cierta clase de energía. De vuelta en el Laboratorio del Erudito, sus equipos dejan de detectar la energía que antes detectaban.



Luego, la banda aterriza sanamente y sin problemas, y deciden ir a hacer algo en la Ciudad. Alice dice que la ciudad es muy animada y que no es nada difícil encontrar algo para hacer aquí. Para empezar, ellos compran un poco de algodón de azúcar y exploran un poco la Ciudad. Ash y Pikachu lo terminan rápidamente y luego Ash toma rápidamente a Brock cuando se estaba enamorando de Alicia. Después de esto Ash choca contra un Torterra, y Luego ven a tres Entrenadores, Katsumi, Day y Maki. Katsumi El Torterra que apareció antes era de Katsumi, Day tiene un Empoleon y Maki un Infernape. Ash y sus amigos, ven a esto como una oportunidad de batalla, así que los desafían.


Pikachu comiendo algodón de azúcar
Pikachu combate contra Torterra, y lo ataca con un Impactrueno, pero falla. Luego su oponente contraataca con Bala semilla, pero Pikachu lo elude y lo ataca con Cola de Hierro, atontándolo.
Mientras tanto, Croagunk combate contra el Infernape de Maki, y Piplup con el Empoleon de Day.



Luego de la Batalla, Alice les muestra a Ash y sus amigos, un jardín detrás del Estadio de Concursos Pokémon. Entonces deciden recorrerlo y en el camino unos Pokémon los siguen, como Azurril, Marril, Wooper, Azumarril, Shinx Luxio y Quagsire. Ellos Piensan que es buena idea dejar salir a sus Pokémon. Luego ven un Parque con juegos, y allí irán a Divertirse. Algunos usan el Deslizador, otros, otros juegos. Luego Piplup ve una Baya Pecha. Pero justo cuando la agarra, también la agarra Shinx. Forcejean y esto produce que caigan por una colina, pero luego los otros Pokémon los detienen. Finalmente, Alicia toca la Caña para que todos se calmen.


Entrada al Jardín
De repente, aparece un Gallade, que le cuenta a Alice que algo está sucediendo. Ash y compañía llaman a sus Pokémon a sus respectivas PokeBall, y se dirigen a ver que estaba mal. Ellos van a una piscina, donde el agua había sido drenada y allí ven unos Pilares circundantes derritiéndose. Se preguntan quien podrá haberlo hecho, y entonces entra en escena un Hombre llamado Alberto, y él dice que esto es obra de Darkrai. Dice que Darkrai es un demonio que frecuenta en el parque y él desea atraparlo. Luego Alberto saca a su Lickiliki y éste lanza un Hiperbeam hacia un arbusto, solo para encontrar al erudito, y allí estaba

Confuso, Alberto se pregunta que estaba haciendo el erudito allí. Para aclarar todo, Alice dice que él se llama Tonio y es un amigo de la infancia. Luego de repente, delante de todos aparece una Sombra, era Darkrai! Muy cerca de allí está el Equipo Rocket y ven a Darkrai. James dice que sería buena idea atrapar al Pokémon Demonio. Luego Alberto le ordena a Lickiliki que le lance a Darkrai un Hiperbeam, para que este desaparezca, pero lo elude y le lanza un Vacio Oscuro al Pokémon de Alberto. Éste lo elude, pero el ataque pega en Ash y este cae en esa energía.


Ash por caer al vacio oscuro de Darkrai
Ash “cae” en el Vacio Oscuro. Luego se despierta, y nota que está en el Mismo lugar que donde estaba pero que no hay nadie alrededor. Grita para ver si hay alguien por allí, pero nadie responde. De repente aparece detrás de él, la Sombra de Darkrai, y cubre el área. Pero luego Ash comienza a ver una visión dentro de otra Dimensión, y allí ve por un Momento a Palkia, pero rápidamente la visión desaparece. Después, él ve a Pikachu a la Distancia, pero éste comienza a caer en una especie de agujero. Ash va detrás de él, agarrándolo antes de que caiga pero Pikachu le lanza un Impactrueno. Instantáneamente, Ash despierta en el Mundo Real, y Pikachu está a su Lado. Luego nota que está en el Centro Pokémon y que Darkrai lo envió a él a una especie de Pesadilla. Comienza a Notar que Darkrai es una especie de Demonio.


Tonio está en su Laboratorio, leyendo un Manuscrito, luego en él ve un Cuadro. Es una pintura de la abuela de Alice, Alice y su Abuelo. En él se cuenta como Alicia encontró a Varios Pokémon que estaban lastimados y fuera de allí estaban peleando con Darkrai. Darkrai fue dañado y Alicia fue a ayudarlo. Luego da vuelta la hoja y ve la canción para calmar a los Pokémon.

Alberto está en otro sitio del Pueblo, cerca de una estación de trenes. Detrás de él, está el Equipo Rocket disfrazados de Reporteros. Ellos dicen que escucharon sobre El Pokémon Demonio y están interesados en Seguir a Alberto para encontrar al Pokémon. Él acepta, diciendo con orgullo que atrapará a Darkrai.


Alice va con los demás hacia la Torre Espacio-Tiempo. Pero antes de que vallan, Maya se detiene en el Pasillo principal, para ver un mural. En él se ve a una chica, en una rama, tocando la caña, igual que lo hace Alice. Alice Dice que la muchacha, es un Antepasado y que su familia contribuyó con las torres. Luego, les muestra la Arena de Concursos Pokémon. Después llegan al Laboratorio de Tonio, donde se han hecho estudios acerca de la anomalía Espacio-Tiempo.

Cuando entran a la Habitación, encuentran a Tonio tirado en el Piso. Alice se apresura a él y Despierta. Luego les dice que ha estado trabajando muy duro toda la noche aquí en la habitación, y les cuenta que fue lo que descubrió, Mientras tanto, Piplup y Buneary exploran el estudio. El Pokémon Pingüino, encuentra un plato, cubierto por un trapo, entonces, saca la cobertura. Luego Piplup, pierde el equilibrio y se cae sobre el plato. Pikachu nota esto y trata de recoger rápidamente el objeto, pero Ash finalmente lo captura primero. Luego, Ash le pregunta a los Pokémon que estaban haciendo, y luego le pregunta a Tonio que era ese objeto. Él agarra el Plato y dice que es una especie de Tótem para las chimeneas de las Torres de la Ciudad. Finalmente, dice si quieren ver las Chimeneas en Acción.

Todos se dirigen hacia arriba de todo de la torre. Ash y Maya apresurándose, para llegar rápidamente al tope de la torre. Se dan cuenta que la torre es mas alta de lo que esperaban, es en donde Maya se queda sin respiración, pero Ash decide Continuar. En la Mitad del Camino, ve a Alice, a Brock a Maya y a Tonio subiendo hacia la cima, en el globo. Una vez allí, deben atravesar una maquina bastante larga.

Tonio explica que la máquina da campanadas que pueden ser oídas por todo el Pueblo, y que los platos contienen las notas. Éstas Placas están ubicadas en una fuente, que rota. Tonio recoge uno de esos platos de la fuente, y le dice a Maya que coloque el otro, el que habían visto antes en su habitación. Finalmente activan la Máquina, y está Funciona, produciendo una canción.


Ash y compañía, en la cima de la torre.
Luego, suben al globo y bajan de la torre. Al bajar ven a Katsumi, Day y Maki. Ash, Brock y Maya quieren volverse a enfrentar a ellos, pero esta vez contra diferente rival. Pero antes de que ellos empiecen, una gran onda de energía atravesando a través de la tierra. En la otra dimensión parece que Palkia está perdiendo la batalla e intenta escapar de su rival, Dialga.
Después de esto, Darkrai hace una aparición, como si sintiera algo acerca de esa energía. Alberto lo ve, y detrás de él está el Equipo Rocket grabando y comentando este momento. Lickiliki lanza de nuevo un Hiperrayo, pero Darkrai lanza Vacios Oscuros y éstos pegan en los Pokémon de los demás entrenadores, incluyendo el Buizel de Maya y el Sudowoodo de Brock. Luego Darkrai Desaparece, por un camino, detrás

Alberto trata de seguirlo junto con Ash, pero Darkrai no está interesado en pelear así que le arroja un Vacio Oscuro a Lickiliki, antes de desaparecer una vez más. El Pokemon de Alberto cae en un estado de pesadilla y su entrenador va a ayudarlo, pero algo sucede, y Alberto se transforma en Lickiliki. Él está sorprendido, y no entiende lo que pasa. Luego el Equipo Rocket, que estaba detrás de él le muestra un espejo, y allí Alberto entiende lo que pasa.

Mientras tanto, Ash sigue persiguiendo a Darkrai. En el camino, ve a un Fantasma de Bibarrel cruzando por la ruta. Luego, ven otra sombra y Pikachu la ataca con Impactrueno. El ataque obliga a Darkrai de Salir de esa Sombra. Pikachu intenta de nuevo con un Impactrueno, pero su oponente lo esquiva con Doble Equipo. El Pokémon de Ash no encuentra al verdadero Darkrai, y luego, aparece detrás de él y éste intenta un Agujero Negro en Pikachu. Éste lo esquiva y su Oponente vuelve a escapar una vez más.

Tonio está de nuevo en su estudio, estudiando la reciente anomalía, que era más grande. Luego de ver una grabación de la explosión, nota algo. Vuelve a reproducirlo lentamente, y sorpresivamente, ve algo en medio de la explosión. Después, utiliza Zoom, y ve una Imagen de Palkia. Esto solo puede tratarse de que Palkia está intentando abrir un agujero, hacia nuestra dimensión.


En el centro Pokémon, Todos los Pokémon afectados se recuperan en el vestíbulo, con sus respectivos entrenadores a su lado. Después, Alberto entra, y todos están confundidos, al verlo en forma de Pokémon. Detrás de él, está el Equipo Rocket, trayendo al verdadero Lickiliki, e intentan explicar lo que sucedió. Pero luego, las Palabras se transforman en una extraña niebla, que cubre a la Ciudad.

Luego entra Tonio, con su Computadora Portátil, para mostrarle a la banda, el video en el que Palkia aparece. Ash dice que cuando el estuvo inconsciente, también vio a Palkia. Tonio teme que el Pokémon, esté tratando de ingresar a nuestra Dimensión, dando como resultado, que el espacio cercano a Álamos, quede atrapado en una anomalía espacio-tiempo.

Alberto y los demás entrenadores, luego vienen allí. El dice que todo lo que está sucediendo es obra de Darkrai y que formará un plan para detenerlo. Pero luego Tonio dice que esto no puede ser obra del Pokémon Demonio solamente. Entonces deciden ir nuevamente a buscarlo.
Cuando lo encuentran, intentan encerrarlo en una pequeña abertura. Todos atacan contra Darkrai pero éste esquiva todo y manda a una pesadilla a todos los Pokémon.

Al rato, todos comienzan a Despertar de su sueño. De repente una anomalía eleva a la ciudad Álamos y es transportada a la dimensión donde Palkia y Dialga combaten. La banda sale a ver el Combate entre los dos Pokémon, y éstos intercambian poderosos ataques. Luego Dialga falla en un ataque y éste se dirige hacia la Torre Espacio-Tiempo. Inmediatamente aparece Darkrai y protege a la torre de cualquier ataque. Luego Ash y los demás se dan cuenta de que Darkrai no es su enemigo, sino todo lo contrario.

Nadie sabe que hacer para detener esta increíble batalla. Tonio dice que la energía que están descargando es increíble. Pero, ahora aparece otro problema. La ciudad se está desintegrando. El erudito comienza a pensar y dice que la gema de Palkia fue Dañada, y que está consiguiendo la energía que necesita del espacio del Mundo Real.

Justo cuando un ataque se dirigía hacia Alice, Darkrai se interpone delante de ella y utiliza un Dark Pulse para detener este ataque. Dialga y Palkia ven a Darkrai como una amenaza hacia ellos, y entonces comienzan a atacarlo.
Mientras tanto Ash y los demás comienzan a mover a los habitantes de la ciudad hacia los jardines de las Torres. La ciudad sigue desintegrándose y Tonio piensa en un plan para detener la increíble batalla. Y, luego, se le ocurre algo. Piensa en la canción de Alice, que puede tranquilizar el corazón de cualquier Pokémon. La torre, puede reproducir la misma canción. Si pudieran encontrar la placa para reproducir esta canción y hacerla sonar en la torre, podrían salvar al mundo.

Luego todos se dirigen hacia las torres, donde está el mural de la chica tocando la caña que reproduce la música. Tonio dice que la placa tiene que estar detrás del Mural, pero allí había muchas. Alice comienza a mirar una foto en su abuela, cuando le enseñó a tocar esta música. Detrás de esta foto, vio un símbolo. Luego, comienza a buscar una placa que contenga este mismo símbolo y, después de buscar y buscar, lo encuentran.

Después de encontrar la Placa, todos se dirigen rápidamente hacia el globo de Alice para llegar a la cima de la torre. De repente, hay una increíble explosión que tira a Piplup del globo. Instantáneamente Ash saca a Staravia, para atrapar al Pingüino, pero Dialga comienza a atacar al globo y Darkrai nuevamente, los protege. Pero una ráfaga, pega en Maya, que la derriba del globo, afortunadamente, cae un una plataforma próxima a ellos. Después de dan cuenta que es muy peligroso seguir en el globo, entonces Ash salta hacia la plataforma en la cual maya calló. Ambos, comienzan a subir las escaleras. Un ataque de distorsión fallido de Dialga, se dirige nuevamente hacia el globo, pero nuevamente Darkrai detiene el ataque y Alice consigue descender hacia los jardines de la torre.

Mientras tanto, Ash y Maya continúan subiendo la torre, pero las escaleras cada vez se desintegran más rápido. Parte de las escaleras que estaban delante de ellos se desintegran, pero Maya saca a Buizel y a Buneary y les ordena que utilicen Chorro de Agua y Rayo hielo para crear una especie de puente. Ash casi se cae, pero su amiga, lo agarra. Ella no aguantará demasiado tiempo, y ambos caen hacia otra parte. Ellos comienzan a caminar el resto del trayecto a pie.

Cuando están por llegar a la cima, Maya ve a Darkrai deteniendo a los Pokemon legendarios, Dialga y Palkia. Ash dice que es una ventaja que deben aprovechar y continúan subiendo. Finalmente llegan a la cima de la torre, pero Darkrai no podrá sostener demasiado tiempo a los enfurecidos Dialga y Palkia. Luego éstos Pokémon atacan muy potentemente a Darkrai y causan una explosión. Darkrai comienza a desintegrarse. Ahora, las cosas comienzan a volverse desesperadas.

Dándose prisa, Ash y Maya intentan colocar el plato que trajeron en la Máquina, pero es demasiado grande y no cabe. No pueden hacerlo caber, además ya no tienen demasiado tiempo. Pero Maya, luego ve en el medio de la Máquina un hueco que contiene el mismo símbolo que el Plato. Inmediatamente Ash lo coloca y encienden el aparato, pero se dan cuenta que no hay suficiente energía para hacerla andar. Desesperados, llaman a Pikachu y a Pachirisu y éstos le dan la energía que ésta necesita. Entonces, comienza a funcionar y empieza a reproducir la misma canción que Alice toca en la Caña. Y justo antes de que Dialga y Palkia lancen su último ataque, se detienen y la desintegración de la ciudad también. Ahora los dos Pokémon se calmaron. Las torres comienzan a brillar intensamente. Luego Ash le pide a Palkia que regrese la ciudad Álamos a su dimensión y éste lo hace, y la ciudad vuelve a ser la de antes.

Aun cuando todo está bien, Ash y Compañía lloran la muerte de Darkrai, que se sacrificó para salvar la Ciudad. Pero Pikachu luego nota una sombra y cuando Ash la mira, nota que es la Sombra de Darkrai, que está entre las dos torres. Toda la ciudad, comienza a mirar hacia el Pokémon Demonio.

En el Final, Maya participa en el Concurso Pokémon, antes de que Partan hacia su próximo destino. En la ciudad, a Darkrai, ahora ya no se lo ve como un Pokémon cualquiera, sino que se lo ve como un Héroe.